Swoją przygodę z Marynarką Wojenną rozpoczął w 1975 roku w WSMW na Wydziale Nawigacji i Uzbrojenia Okrętowego. Po ukończeniu uczelni służył na okrętach podwodnych zaczynając od stanowiska dowódcy działu, następnie dowodził ORP „Orzeł” oraz od 1994 roku był dowódcą Dywizjonu OP. Dowodząc ORP „Orzeł” dwukrotnie zdobywał miano Najlepszego Okrętu MW w grupie okrętów bojowych. Jako dowódca Dywizjonu Okrętów Podwodnych uczestniczył w ćwiczeniach w ramach programu Partnerstwa dla Pokoju i sojuszu NATO (Cooperative Banners, Baltops, Crown Eagla, Baltic Porpoise, Dannex) wykonując obowiązki na pokładach okrętów USA, Niemiec czy też Szwecji. W 2004 roku objął obowiązki szefa szkolenia 3. FO, a następnie pełnił służbę w dowództwie Marynarki Wojennej na stanowiskach: szefa oddziału szkolenia dowództw w Zarządzie Operacji Morskich oraz szefa oddziału operacyjnego – zastępcy szefa Zarządu Operacji Morskich. W międzyczasie ukończył międzynarodowy kurs dla oficerów sztabu w Akademii Obrony Narodowej w Hadze, kurs dla dowódców jednostek wojskowych z Teorii Organizacji i Zarządzania w AON w Warszawie, kurs orientacyjny dla oficerów sztabu NATO. Po ukończeniu w 2009 roku podyplomowych Studiów Polityki Obronnej w AON wyznaczony został na stanowisko szefa Szkolenia Morskiego – zastępcę Szefa Szkolenia Marynarki Wojennej. Z dniem 10 listopada 2010 roku kmdr S. KANIA awansowany został postanowieniem Prezydenta RP na stopień kontradmirała. W 2012 roku ukończył w Akademii Obrony Narodowej NATO w Rzymie kurs dla oficerów Flagowych po czym w listopadzie decyzją Ministra Obrony Narodowej wyznaczony został na stanowisko szefa Szkolenia MW. W ostatnich miesiącach 2013 roku przed reorganizacją Sił Zbrojnych RP czasowo pełnił obowiązki dowódcy Marynarki Wojennej.
Kontradmirał Stanisław KANIA jest członkiem Koła nr 6 Stowarzyszenia Oficerów Marynarki Wojennej RP.
